NIKU har ansvar for arkeologiske utgravninger i Norges åtte middelalderbyer: Bergen, Stavanger, Trondheim, Tønsberg, Skien, Oslo, Sarpsborg og Hamar. Middelalderbyene er automatisk fredete kulturminner jf. Kulturminneloven.

En middelalderby er definert som en nåværende by som har hatt byutvikling siden middelalderen og der deler av dagens bebyggelse ligger oppå rester av bybebyggelse fra middelalderen jf. RAs veileder til forvaltning av middelalderbyene. Kulturlagene fra middelalderen er ofte flere meter tykke og godt bevarte under stående bebyggelse og veianlegg.

Forvaltningen av middelalderbyene skal sikre bevaring av de «underjordiske arkivene», samtidig som det tilrettelegges for bruk av arealer og utvikling av bysentrene. Et overordnet prinsipp i middelalderbyene er in situ bevaring og unngå inngrep i bakken dersom dette er mulig.

Dersom forvaltningsmyndighetene gir tillatelse til inngrep, kan det bli liggende kulturlag igjen etter utbyggingen. Disse må ivaretas og sikres etter at prosjektet er avsluttet.

Både små og store undersøkelser gir ny og spennende kunnskap om middelalderbyene. Rapport og dokumentasjon legger til rette for forskning på materialet i etterkant. Gjenstander samles inn og større laftede konstruksjoner og steinkjellere dokumenteres for ettertiden. Funnene blir innlemmet i museenes samlinger.